- Associação Atlética Acadêmica Pereira Barretto - AAAPB
- Associação Brasileira de Epilepsia
- Associação de Pacientes transplantados da Universidade Federal de São Paulo - UNIFESP
- Associação dos Docentes da Unifesp
- Associação dos Médicos Residentes da Escola Paulista de Medicina- AMEREPAM
- Associação dos Pós Graduandos da Unifesp - APG Unifesp
- Centro Acadêmico Ana Cristina Passarella Brêtas - CAAB
- Centro Acadêmico Leal Prado - CALP
- Centro Acadêmico Pereira Barretto - CAPB
- Centro Cochrane do Brasil
- Centro de Desenvolvimento de Modelos Experimentais para Medicina e Biologia - CEDEME
- Centro de Desenvolvimento do Ensino Superior em Saúde - CEDESS
- Centro de Estudos Etnofarmacológicos da UNIFESP - CEE
- Centro de Genética Médica - CGM
- Centro de História e Filosofia das Ciências da Saúde - CEHFI
- Centro de Incentivo e apoio ao Aleitamento Materno - CIAAM
- Centro de Medicina da Atividade Física e do Esporte - CEMAFE
- Centro de Microscopia Eletrônica - CEME
- Centro de Recuperação e Educação Nutricional - CREN
- Centro de Referência dos Adolescentes e Jovens do NASF - CRAJ
- Centro de Referência em Erros Inatos do Metabolismo - CREIM
- Centro de Terapia Celular e Molecular - CTCMOL
- Centro Paulista de Economia da Saúde - CPES
- Departamento de Cultura Científica - DCC
- Diretório Central dos Estudantes - DCE
- Edifício de Pesquisa II
- Grupo de Apoio a Pacientes com Fibromialgia
- Grupo Multidisciplinar Síndrome de Marfan
- Laboratório de Proteômica
- Liga Acadêmica do Sono
- LINC - Laboratório Interdisciplinar de Neuroimagem e Cognição
- NAI - Núcleo de Acessibilidade e Inclusão
- Núcleo de Administração em Saúde - NAS
- Núcleo de Estudos da criança e do adolescente - NECAD
- Núcleo de Proteção Radiológica
- Núcleo Interdepartamental de Segurança Alimentar e Nutricional - NISAN - UNIFESP
- Portal Estilo de Vida Saudável
- Programa de Atendimento e Estudos de Somatização
- Projeto Xingu
- Setor de Planejamento Familiar
- Setor Integrado de Reprodução Humana
