A Pró-Reitoria de Graduação (ProGrad) é o órgão da Reitoria que tem como missão promover o ensino de qualidade e garantir a formação geral e profissional dos estudantes de graduação, preparando-os tanto para uma atuação competente, crítica e ética quanto para o prosseguimento de estudos em nível de pós-graduação.
Juntamente com o Conselho de Graduação, a ProGrad é responsável por elaborar as políticas do ensino de graduação e zelar pelo cumprimento do projeto pedagógico da universidade, orientando-se por seu regimento interno. O Conselho de Graduação é o colegiado superior incumbido das atividades de graduação, no qual estão representados todos os campi e todos os cursos da Unifesp, além dos membros eleitos, sob a presidência do pró-reitor de Graduação.
Para executar seu trabalho, a ProGrad conta com cinco coordenadorias (Sistema de Seleção para Ingresso de Estudantes na Universidade, Projetos e Acompanhamento Pedagógico, Programas e Projetos Institucionais, Avaliação e Desenvolvimento Docente), além de uma assessoria para assuntos de internacionalização e do Comitê Gestor Institucional de Formação Inicial e Continuada de Profissionais da Educação Básica. A responsabilidade pelos trabalhos de cada coordenadoria é conferida a um docente e a uma comissão composta por representantes das unidades universitárias.
Para a gestão administrativa, a ProGrad possui uma área técnica composta de servidores técnico-administrativos, dividida em setores:Secretaria Acadêmica Geral, Secretaria Executiva, Bolsas Acadêmicas, Estágio e Mobilidade, Vestibular e Transferências, Regulação/Supervisão e Avaliação, Tecnologia da Informação e Registro de Diplomas, cabendo a este último o registro de diplomas dos cursos de graduação e pós-graduação da universidade.
O ingresso na graduação da Unifesp ocorre de duas formas: pelo Sistema de Seleção Unificado (SiSU), que utiliza apenas a nota do Exame Nacional do Ensino Médio (Enem), e pelo Sistema Misto, no qual a nota do Enem conjuga-se às notas obtidas pelo candidato nas provas complementares.
Todos os cursos de graduação da Unifesp são públicos e gratuitos, distribuindo-se de acordo com áreas temáticas entre os seis diferentes campi, localizados no Estado de São Paulo. Na Baixada Santista são oferecidos cursos nas áreas de Ciências da Saúde e Ciências do Mar; em Diadema, são ministrados cursos nas áreas de Ciências Biológicas, Exatas e da Terra; em Guarulhos, estão concentrados cursos na área de Humanidades; em Osasco, estão organizados cursos pertencentes à área de Ciências Sociais Aplicadas; em São José dos Campos, são desenvolvidos cursos nas áreas de ciência e tecnologia; e, em São Paulo, estão instalados cursos na área de Ciências da Saúde.