Os rejeitos radioativos provenientes das atividades de pesquisa são classificados como SBN (sólido de baixo nível) e LBN (líquido de baixo nível) devido a sua baixa radioatividade, porém, em geral são gerados em grande volume e com concentrações acima dos limites de isenção para liberação na rede de esgoto pública. O gerenciamento destes rejeitos já acontece na Unifesp-EPM há cinco anos e os resultados apontam para um controle mais efetivo sobre o descarte dos mesmos no meio ambiente.