O Departamento de Bioquímica ministra aulas de graduação em todos os Cursos do Campus São Paulo, Vila Clementino, coordenando e administrando a maioria dos módulos dos quais participa.

No Curso de Medicina, o Departamento ensina Bioquímica e Biologia Molecular nos módulos “Organização Funcional do Corpo Humano” (1ª série) e “Bases da Medicina Celular e Molecular” (2ª série). Ambos os módulos (dos quais participam também outros Departamentos) são coordenados por docentes do Departamento de Bioquímica.

Química Geral e Analítica, Química Orgânica, Bioquímica, Biologia Molecular, Bioquímica de Tecidos e Imunopatologia são ministradas aos graduandos em Ciências Biomédicas.

Bioquímica é ministrada aos graduandos em Enfermagem, Tecnologia Oftálmica e Fonoaudiologia.
Os laboratórios multidisciplinares do edifício Octavio de Carvalho e as reformulações curriculares em andamento ou implantadas na UNIFESP são resultado do trabalho de que o Departamento de Bioquímica participou ativamente.

O programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, formado por alguns docentes dos Departamentos de Bioquímica, Biofísica e Fisiologia, iniciou suas atividades em 1971, sendo um dos primeiros programas no Estado de São Paulo reconhecido oficialmente pelo Ministério da Educação. O programa tem sido sistematicamente avaliado pela CAPES, obtendo conceito A desde a sua criação. Mais recentemente, a CAPES implantou um novo sistema de classificação com novas categorias, e o Programa de Biologia Molecular da UNIFESP recebeu, para os períodos 2001-2003 e 2004-2007, a pontuação máxima (nota 7).

Programa, coordenado pela Profa. Dra. Helena B. Nader, Professora Titular do Departamento de Bioquímica, tem cerca de 150 estudantes de Pós-Graduação, publica ao redor de 100 trabalhos completos em periódicos indexados pelo ISI – Institute of Scientific Information – por ano, apresentando uma média de 3 trabalhos/orientador/ano e de 0,8 trabalho/pós-graduando/ano.

Os docentes do Departamento de Bioquímica orientam, ainda, cerca de trinta estudantes de Iniciação Científica, e supervisionam quatro pós-docs.

Portanto, a Pesquisa é parte indissociável do projeto acadêmico do Departamento de Bioquímica. A produção científica, em grande parte financiada por agências de fomento,  encontra-se documentada mais adiante, refletindo o desenvolvimento das seguintes linhas principais de pesquisa:

• Enzimas proteolíticas e seus inibidores
• Estrutura, metabolismo e função de glicosaminoglicanos e proteoglicanos
• Controle da proliferação celular e tumores
• Imunoquímica de glicoconjugados
• Hepatologia experimental
• Neurociências

Ao lado dos programas formais e curriculares de ensino, o Departamento de Bioquímica tem estimulado e desenvolvido programas de qualificação, voltados para seus servidores e para setores específicos da comunidade educacional. Assim, vários técnicos tiveram e continuam a ter oportunidades para obtenção de Mestrado e Doutorado em cursos de Pós-Graduação, e também treinamento em outras instituições do país e do exterior. Ao lado disso, docentes e técnicos ministram cursos destinados a professores do ensino médio da rede pública do Estado de São Paulo, com o objetivo de colocar ao seu alcance conteúdos de Bioquímica e de Biologia Molecular a que não tiveram acesso anteriormente, e de que necessitam para o ensino que ministram.

Além disso, docentes do Departamento prestam assessoria técnica e científica a diversas instituições públicas e privadas, e realizam testes especializados para o diagnóstico de doenças metabólicas, como as mucopolissacaridoses, por exemplo.