Glossário

peptídeos

moléculas orgânicas que contém de dois a dezenas de resíduos de aminoácidos unidos entre si através de ligações peptídicas. Quando comparados a proteínas, são quimicamente mais versáteis pois podem ser amidados ou esterificados em suas carboxilas terminais, acetilados em seus grupos amino-terminais , fosforilados ou sulfatados em um ou mais resíduos (serina, treonina ou tirosina), lineares, semi-cíclicos (em geral via ligações dissulfeto ou ligações intra ou inter-cadeias peptídicas) ou cíclicos (devido a ligações entre os grupos amino e carboxila terminais). Podem ainda conter um ácido piroglutâmico como resíduo N-terminal, outros apresentam D-aminoácidos e outros, ainda, apresentam aminoácidos não usuais (Machado 2004).

genoma

classicamente, o genoma constitui o patrimônio informacional de um organismo e é representado pelo conjunto de moléculas de DNA presentes no núcleo ou em outra localização intracelular (mitocôndrias, cinetoplastos, cloroplastos), contemplando suas sequências codificadoras (genes) e as não-codificadoras. Trata-se, embora haja exceções, de um repositório estático da informação genética cujo conteúdo tende a manter-se estável. Por outro lado, um único genoma pode originar diversos proteomas, em função de distintas condições à qual a unidade biológica é exposta (Cahill 2001).

genômica

estudo global a nível molecular dos genes e dos seus produtos (Hocquete 2005).

bioinformática

Extensão da Biologia Computacional cuja finalidade é desenvolver softwares para aquisição, processamento, inferência ou predição de dados relacionados a biossistemas.

proteínas

moléculas orgânicas constituídas por sequências de aminoácidos interligados as quais, quando expressas, exercem funções variadas na célula (regulatória, defesa, hormonal, energética, estrutural, enzimática, entre outras). São moléculas anfotéricas.

isoformas

são proteínas muito semelhantes entre si na sua composição polipeptídica que desempenham funções análogas, embora possam apresentar particularidades estruturais e funcionais devido às pequenas variações que apresentam.

co-traducionais

são modificações inseridas em cadeias polipeptídicas simultaneamente à tradução das mesmas que direcionam o tráfego intracelular de proteínas ao longo de sua síntese (e.g.  glicosilação de proteínas no lumen do retículo endoplasmático rugoso).

pós-traducionais

são as modificações que ocorrem na sequência polipeptídica depois de sua tradução pelos ribossomos. Estas modificações podem ser desde adição de um grupo funcional (metil, acetil, fosfato, entre outras) ou de cadeias de lipídeos ou de carboidratos.

pontos isoelétricos

o pH no qual a molécula (proteína ou peptídeo) tem carga elétrica nula, ou seja, neste ponto existe equilíbrio entre as cargas negativas e positivas dos grupamentos iônicos dos resíduos de aminoácidos que constituem a molécula.

espectrometria de massas

separação de compostos ionizados com base na sua relação massa/ carga. Graficamente, a separação é registrada sob a forma de um espectro cujo eixo horizontal (das abscissas) exibe valores de massa/carga (m/z) do peptídeo e cujo eixo vertical (ordenadas) representa a abundância destes íons.

pH

é o símbolo da grandeza físico química potencial hidrogeniônico que indica a acidez, neutralidade ou alcalinidade de uma solução. 

Coomassie

Coomassie Brilliant Blue (CBB) composto azulado que serve como indicador quantitativo de proteínas. O Coomassie complexa com aminoácidos básicos (afinidade principalmente a lisinas e argininas e pouca afinidade por aminoácidos com cadeia lateral aromática) por interações não-covalentes (Splittgerber 1993). O Coomassie possui sensibilidade para detectar de 30 a 100 ng de proteina (Patton 2002).

prata

a coloração por íons de prata a uma amostra biológica reflete a interação do metal com cisteínas, lisinas, argininas e metioninas (Gruen LC 1975). Em preparações histoquímicas, metabólitos intracelulares podem oxidar a prata resultando em pigmentação preta nos pontos em que ocorreu a reação, detectando até 0,1 ng de proteína. Embora seja mais sensível que o Coomassie, por exemplo, a coloração por prata apresenta alguns incovenientes como a de incompatibilidade com a espectrometria de massas, falta de linearidade e a tendência à saturação (Dunn 2003).

fluorescência

o fenômeno da fluorescência apresentado por algumas substâncias é a capacidade de uma molécula de emitir luz. Consiste na absorção de energia por um elétron, o qual passa de um estado fundamental (S0) para um estado excitado (S1) e, para que este elétron retorne ao estado fundamental, ocorre liberação de energia através da emissão de radiação. Moléculas fluorescentes funcionam como sondas que reportam direta ou indiretamente a presença de moléculas biológicas-alvo.

densitômetro

é um instrumento que é capaz de mensurar a densidade óptica de cromos e opacos, pela quantidade de luz emitida em determinada superfície ou pela quantidade de luz que atravessa um meio transparente.

dessorção

o fenômeno da dessorção consiste na tansferência de átomos, moléculas ou agregados de um sólido para a fase gasosa, ocasionando a ejeção de partículas ionizadas.

campo elétrico

é o campo de força ocasionado pela presença de cargas elétricas (elétrons, nêutrons, prótons ou íons) ou por um sistema de cargas. As cargas elétricas sob ação de um campo elétrico estão sujeitas a uma força elétrica.

tripsina

endoproteinase que cliva especificamente a região C-terminal de resíduos de aminoácidos arginina (R) e lisina (K).